Topografische Karte Pilsen
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Pilsen liegt im Pilsener Becken am Zusammenfluss der Flüsse Mies, Radbusa, Úhlava und Úslava. Am südwestlichen Stadtrand befindet sich die Talsperre České Údolí. Die Innenstadt liegt um 310 m n.m. Einige Anhöhen innerhalb des Stadtgebiets erreichen bis 452 m n.m. Die Altstadt steht auf Arkoseuntergrund. Pilsen gehört in die kühlgemäßigte Zone mit langen, trockenen Sommern, wärmeren Übergangsperioden und sehr trockenen Wintern mit kurzem Andauern der Schneedecke. Die Jahresdurchschnittstemperatur beträgt 7,5 °C, der durchschnittliche Jahresniederschlag um 520 mm. Die höchste gemessene Temperatur war 40,1 °C (1983, Pilsen-Bolevec) und die niedrigste −27,6 °C (1987, Pilsen-Bolevec). Die Sonnenscheindauer schwankt jährlich zwischen 1400 und 1700 Stunden.